Antes de tudo lhe digo que essa coisa de PCI-E 3.0 nas HDs 7xxx, só quer dizer que as placas são otimizadas para tais slots, não que não vão funcionar num slot mais antigo. Você fez uma comparação de versão de slot (1.0, 2.0 e 3.0) contra x4, x8 e x16, comparações desse tipo não podem ser feitas, pois eles não são opostos, os dois andam em paralelo. Os "x" da vida, tem relação à quantidade de linhas bidirecionais que a placa mãe possui naquele slot, são as linhas de comunicação, quanto maior o número de linhas, maior a velocidade, independente de sua placa de vídeo.
Já as versões tem relação a tecnologia aplicada, que muda drasticamente a velocidade de comunicação que essas mesmas linhas de comunicação(citadas anteriormente) suportam, mas isso já depende do modelo da sua placa de vídeo, elas podem utilizar ou não.
O padrão PCI Express 2.0 (PCIe 2.0) , oferece o dobro de velocidade do padrão antigo(1.0), ou seja, 500 MB/s (também bidirecional) ao invés dos 250 MB/s. Um slot PCI Express x16, no padrão 2.0, poderá transferir até 8 GB/s contra 4 GB/s do padrão anterior.
Quanto a compatibilidade entre os padrões 1.0, 1.1, 2.0 e 3.0, as placas de vídeo PCIe 2.0 aceitam as placas-mãe PCIe 1.0, assim como as placas de vídeo 3.0 aceitam as placas mãe com versão 2.0. E o inverso também é verdadeiro.
Essa sua placa de vídeo é otimizada para 3.0, slot no qual ficará mais rápida, mas se você colocar em slot 2.0 vai funcionar do mesmo jeito.
Mas você esqueceu um ponto muito importante! Nos dizer que seu slot PCI é x16 não nos diz muita coisa, você tem que dizer o modelo de sua placa mãe, para sabermos se o mesmo é 1.0 ou 2.0.
Placa mãe Asus P8Z77 M-PRO / Core I7 3770 3.4GHz Socket 1155/ Powercolor HD 7950 3GB DDR5/ KIT Dual Channel Corsair Vengeance 16GB DDR3 1600 / Fonte SevenTeam V-Force 850 / Sony Bravia Full HD 32" / Windows 7 Ultimate 64 Bits Service Pack 1 / Internet 10 Mbps