Se não quiser correr riscos quanto a perda da garantia pela modificação da placa, eu sugiro acrescentar uma backplate na parte superior da VGA, sem alterar a estrutura original da placa, tipo essa aqui:
Esta parte do texto foi marcado como Spoiler. Clique aqui para ver o contéudo.
1-Mas se a sua intenção for chutar o balde e fazer algo completo, vamos lá: Tente desparafusar a caraça da placa, e também do dissipador.
2-Isole com papel, ou plástico, a área dos coolers, use fita adesiva para prender o material que isolará os coolers.
3-Com uma lixa dágua (mas sem agua) preferencialmente a numera mais alta (quanto mal alto, menos aspera será), lixe cuidadosamente a superfice carcaça, sempre tomando cuidado com o pó liberado.
4-Passe um pincel, ou um pano para remover o pó. Eu gosto de passar um pano seco, depois outro com álcool.
5-Pinte, e aguarde secar.
Sobre a pintura.
Eu tentaria preservar as litras, e as "depressões" da carcaça, pra isso, usaria fita crepe para isolar a área de pintura.
Se for usar spray, pinte numa distância de meio metro, com borrifadas curtas, coisa de um "click". Não tenha pressa. Pinte um pouco, espere secar, pinte novamente. Depois de 2 ou 3 camadas de tinta, possivelmente estará bem coberta. Deixe secar por 24, ou mais.
Retire o material que estava isolando o cooler, passe um pano seco em tudo para remover qualquer vestigio de pó do lixamento. Instale na placa, e seja feliz.